国家农业环境南宁观测实验站是农业农村部2019年批准建设并挂牌的全国第二批国家农业科学观测实验站之一。实验站建有农用化学投入品立体实时观察场1710.13m2、气象观测场833.70m2，配置有自动气象站、温室气体通量监测仪、水质在线监测系统、自动蒸发监测系统、虫情监测系统等野外实时监测设备10台（套）和离子色谱仪、ICP-MS、定氮仪、气相色谱仪等室内先进分析仪器20余台（套）。
实验站在国家农业环境数据中心和国家农业科技创新联盟办公室指导下，立足我国赤红壤农业环境保护与资源高效利用的技术需求，以农产品质量安全保护为目的，开展持续的农用化学品投入对影响农产品质量安全环境因子的科学观测以及农产品质量安全影响的演变趋势研究，为我国赤红壤区农业环境科学创新研究提供基础数据支撑服务，服务以广西为代表的东南亚热带特色农业的健康发展。
