微生物肥料是指一类含有活微生物的特定制品，应用于农业生产中，能够获得特定的肥料效应，在这种效应的产生中，制品中活微生物起关键的作用，符合上述定义的制品应归入微生物肥料。根据微生物在肥料中的作用，微生物肥料大致分为两类：1.通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物元素营养的供应量，包括土壤和生产环境中植物营养元素的供应总量和植物营养元素的有效供应量，导致植物营养状况的改善，进而产量增加，这一类微生物的代表品种是根瘤菌。2.广义的微生物肥料。其制品虽然也是通过其中所含的微生物的生命活动的关键作用导致作物增产，但是其中微生物生命活动的关键作用不限于提高植物元素的供应水平，包括了他们所产生的植物生长雌激素对植物的刺激作用，促进植物对营养元素的吸收作用。或者是拮抗某些病原微生物的致病作用，减轻作物病虫害而导致增产。 微生物肥料（microbial manure）在我国又被称为细菌肥料、生物肥料，许多国家将其称作接种剂（Inoculant），日本将其称作生物材料，也有一些国家将其称为微生物肥料或生物肥料的。从中可以看出，尽管有不同的名称，但制品中都含有一定数量的微生物。我国土壤微生物的奠基人陈华癸教授为微生物肥料下的定义是：所谓微生物肥料，是指一类含有活微生物的特定制品，应用于农业生产中，能获得特定的肥料效应，在这种效应中，制品中活微生物起关键作用，符合上述定义的制品均应归入微生物肥料中。2003年第二届全国微生物肥料生产应用技术研讨会上的定义：含有两种或两种以上互不拮抗的微生物或一种以上微生物与无机营养元素复配，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量，改善农产品品质或增强植物抗逆性的活体微生物制品。 微生物肥料是采用现代生物工程技术，通过组合、筛选、选育等科学方法，消除了微生物之间的拮抗，并使之相互作用，激发生理活性，形成最佳菌种组合，使土壤中氮、磷、钾等元素能在较高水平上得以平衡。全封闭式工业化生物发酵设备和微生物技术，培养出高效固氮菌、溶磷菌、解钾菌和产生植物生长刺激素、抑制植物病原微生物活动的菌种。固氮菌固定空气中分子态氮素，补充作物氮素营养；溶磷菌分解土壤中被固定的难溶态磷酸盐，使之转化为植物可以利用的速效磷；解钾菌分解土壤中被固定的无效钾，使其转化为速效钾，为植物提供钾素营养；产生植物生长刺激素的菌种使作物根系发达，加速叶绿素、蛋白质、核酸的合成，促进作物早熟，它还能分泌出抑制植物病原微生物活动的抗生物质，防治病害。