广西农业科学院植物保护研究所下设：
行政机构：
1、办公室
2、科研科
科研团队：
1、粮食作物害虫防控团队
2、粮食作物病害防控研究团队
3、柑橘病虫害施药与治理团队
4、果蔬病虫害防控研究团队
5、果树病害致灾机理与防控团队
6、水果害虫监测与防控团队
7、蕉类作物病害防控团队
8、农业生物安全与害虫生物防治团队
9、植物病害生物防治团队
10、作物病毒病害监测与防控团队
11、作物线虫监测与防控团队
12、草害防控团队
成果转化：
1、科技成果转化中心
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